El núcleo principal está situado cerca de la desembocadura del Guadalquivir, dentro de la Isla Mayor, que en la antigüedad estuvo ocupada por el Lacus Ligustinus. Los continuos arrastres de materiales del río y las mareas fueron formando una isla fangosa en la desembocadura, al tiempo que se iba conformando la marisma. El núcleo urbano se halla completamente rodeado de canales y de zonas destinadas al cultivo del arroz.
En 1253 Alfonso X el Sabio concede la Isla Mayor al Concejo de Sevilla y en 1272 a los moradores de La Guardia (la actual Puebla del Río), volviendo posteriormente a su primitivo poseedor. Desde hace algunos siglos estas tierras de marismas han sido aprovechadas para la explotación ganadera por los habitantes de las poblaciones circundantes. Poco a poco los pastores fueron construyéndose pequeños refugios ("hatos"), originando un poblamiento disperso en la Isla. En el siglo XIX es comprada por el Marqués de Casa Riera. Aunque llega al siglo XX casi virgen, la ocupación agraria de la marisma se realiza rápidamente. En 1926, la Sociedad de las Islas del Guadalquivir (de capital inglés y suizo) compra las tierras al marqués e inicia su proceso de transformación con las primeras plantaciones de arroz.
Isla Mayor presenta la típica morfología de los poblados de colonización, con un predominio de las calles de trazado regular. Su trama viaria se halla estructurada en gran medida por la avenida que lo cruza en dirección aproximada norte-sur. Las manzanas residenciales de edificación tradicional se extienden por gran parte de la localidad, especialmente en los sectores central y septentrional de la misma. En la zona occidental existen varias promociones de bloques plurifamiliares. En los sectores más periféricos se localizan las instalaciones complementarias relacionadas con la explotación arrocera, así como los equipamientos de carácter público (colegios, instalaciones deportivas, etc.).
